تكون المضاعفات قليلة في حالة الالتهاب الفيروسي (التهاب الأذن الوسطى، تقرحات الفم) أما في حالة التهاب البلعوم الجرثومي فإن المضاعفات أكثر وتشمل خراجات البلعوم التهاب الجيوب والتهاب الأذن الوسطى، وإذا كان سبب الالتهاب هو المكورات العقدية فإن أهم اختلاطين هما الحمى الروماتيزمية والتهاب الكبد والكلية..