تتم عملية زرع الشعر عادة بتخدير موضعي، لذا لا تتبعها مضاعفات ناتجة عنها، وتكون المضاعفات غالبًا على شكل التهابات يتم تجنبها بتناول مضاد حيوي، وكذلك بعض الكدمات التي تزول تدريجيًا، وقد يحدث نزيف تحت فروة الرأس ويتم التغلب عليه سريعًا باستعمال أدوية مضادة للنزيف.